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宏基因组测序
    发布时间: 2018-04-16 17:51    

一、服务介绍 

宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,采用新一代高通量测序技术,获得环境微生物基因信息总和,研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。宏基因组测序摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,直接提取环境样本DNA 进行测序,具有通量高、速度快、信息全等特点,在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势,基于测序技术和生物信息学的快速发展,宏基因组技术优势在微生物研究领域中愈发明显,应用范围愈发广泛。

 

二、服务流程

1.样品准备样本2.DNA提取3. DNA检测4. 文库构建 5.文库检测 6.上机测序

 

三、技术参数

常见环境样本(请使用干冰或冰袋运送)

土壤、淤泥、沉积物≥ 5g;粪便≥ 2g;组织样本≥ 1g

水体送样为过滤后的滤膜(最适滤膜直径3-4 cm)

拭子样本≥ 2 个

* 提取方法可参照:附录一 常见环境微生物样本制备及DNA 提取方法参考

•DNA 样本(请使用干冰或冰袋运送)

样品浓度 ≥ 50ng/μl

样品总量 ≥ 1.6μg

OD260/280:1.8~2.0,无 RNA、蛋白质等杂质污染

 

四、结果示例

肠道微生物对人体至关重要,本文采用宏基因组测序技术对98 个瑞典产妇的粪便及婴儿的粪便进行分析,研究出生一年内肠道的微生物,评估分娩方式和喂养方式对肠道菌群建立的影响。与顺产婴儿的肠道微生物相比,剖腹产婴儿肠道微生物与母亲相似性明显降低。营养对肠道微生态的组成和功能有重要影响,促使婴儿肠道微生物向成人肠道微生物群转变的主要驱动力量并不是开始喂食固体食物,而是停止母乳喂养。微生物群落组成和生态网络在不同样本阶段具有明显差异,与微生物功能成熟度相关。

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