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宏转录组测序
    发布时间: 2018-04-16 17:51    

一、服务介绍 

宏转录组(Metatranscriptomics)是指从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生命全部基因组转录情况以及转录调控规律,它以生态环境中的全部RNA为研究对象,避开了微生物分离培养困难的问题,能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组,宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,能更好的挖掘潜在的新基因。

二、服务流程

1、Total RNA样品检测

2、rRNA去除

3、双链cDNA合成

4、末端修复,加A和接头

5、片段选择,PCR富集

6、文库质量检测

7、上机测序

三、技术参数

RNA样本(不提供提取服务):

RNA:总量≧2.5μg(单次建库),浓度≧65ng/μl;OD260/280≧1.8,23S/16S≧1,

RIN≧6.0;无基因组污染,无蛋白和杂质污染,无颜色异常。

周期:60个自然日

案例:

本研究发现了遍布世界海洋、结构复杂的单细胞藻类——硅藻会在一种细菌存在时以更快的速度生长,这一细菌能够释放一种已知的可以加速陆地植物生长的激素。实验人员在项目的起始期对收集自北太平洋和大西洋5个地方的一种常见海岸硅藻——多列拟菱形藻(Pseudo-Nitzschia multiseries) 进行了检测,发现其中有细菌存在。接下来,他们处理了水样本中所有细菌,发现硅藻无法繁殖。之后,实验人员将5个样本共有的细菌一次一个添加回去,发现当以足够高的浓度添加一种叫做Sulfitobacter的细菌时会显著加速硅藻生长。因此证实这些细菌与硅藻交换物质,转而生成了生长素——一种由生活在陆地植物根部周围的微生物生成的激素。实验人员还通过代谢组学和宏转录组学方法识别出了IAA和与海洋中IAA的生

成相关的一些基因,但还需要进一步的工作来充分研究该通道的生态学意义。


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